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ラットゲノム解読+新年度の挨拶

差出人: theclaさん "Nakazato T."<takeru…>
送信日時 2004/04/02 20:10
ML.NO [medicalscience:1536]
本文:

なかざと@副管理人です。

新年度だからまずは自己紹介とこのMLのシステムを紹介しましょうか。

仲里 猛留(なかざと たける) と申します。
東京工業大学大学院 生命理工学研究科というところで、分子生物学を
やってました。具体的には、「恐山ウグイの酸性適応機構」、「ウナギに
おける硫酸トランスポーターの同定と浸透圧適応機構」っちゅうのをやっ
てました。クローニングとかですね。詳しいことは、長くなるんでやめま
す。(またの機会に。もしくは、ちゃらっと検索してください)
で、そこを修士で出まして、今は、IT企業のバイオインフォマティクス
部門で働いてます。3年目がスタートしました。仕事とこのMLなどの活動
とは関係がないので、詳しいことは差し控えますが、これもちゃらっと検
索したらわかることです。

よろしかったら、みなさんも自己紹介などしてみてください。

このMLですが、2000年のクリスマスにできまして、谷津さんをはじめ、
計5人の管理人集団で運営をしています。私の役目は特に情報発信と、ホー
ムページの運営といったところでしょうかね。
http://www.haide.net/~chalk/medsci/medsci.html
がこのMLのWebになっております。

私が学生時代につくったページとリンクが貼ってあったりしますが、そ
のあたりは、いずれ(うーんと、早くて今月中に)引越しが開始されます
ので、よろしくお願いします。このMLのページもどうしようね。


さて、今日の本題です。

さっき、このMLができたのが2000年のクリスマスだ、と書いたのですが、
MLの紹介のページを引用すると、
-----
1999年12月2日、英科学誌 nature にヒト22番染色体解読の報告が掲載
され、 2000年5月18日号にヒト21番染色体解読の記事が載りました。そし
て、2001年2月15日号にドラフト版の全配列の報告がなされました。
そんな「ゲノム」時代の本格的な幕開けの時期となった2000年12月24日、
この「医科学・分子生物学の集い」メーリングリストが開設されました。
-----
なんて書いてあります。

そういうヒトゲノムが話題となっていた時代にこのMLができたわけです
が、今回は、ラットゲノムのドラフト(概略版)がでたという話題です。

メインのペーパー(nature 昨日の)
http://www.nature.com/nature/focus/ratgenome/index.html

いろいろ付随的な論文(Genome Research 今日の)
http://www.genome.org/content/vol14/issue4/index.shtml?etoc

なんだかラットのゲノムは、既に読まれたような錯覚に陥っていたとこ
ろがあったのですが...(よく考えればnatureにヒトとマウスのは出たけ
ど、ラットは聞いたことなかった)。

新聞にも載ったらしいのですが、「マウスとラットって何が違うの?」
とか訊かれました。。。

インパクトとしては、チンパンジーとオランウータンぐらい違うと思う
のですが...(あくまでイメージですよ)
ハムスターみたいなペットのネズミと、ドブネズミくらいの違いと言っ
たら納得していただけました(実際に見ると、大きさからして全然違いま
す)
実際に進化的には、どのくらい遠いんでしょうね。今度、調べてまとめ
てみようっと。

nature なんか見ると、Brown Norway rat とあるんですが、やはり、い
ろいろ系統があるんでしょうね。マウスがそうであるように。これがメジャー
なんですか? (私は魚屋だったんで、見たことしかない。あ、解剖もした
か。学生実習で)。

インフォの分野から言うと、NCBIしかり、Ensemblしかりから、データ
はとってこられるのかな? ヒト、マウスあたりと比較して(比較ゲノム)
いろいろわかってくることもあるのでしょう。
私も、今は、インフォ屋ですが、(薬品を混ぜる)実験はできなくても
データはavailableなわけで、やってみたいことがあるわけですが、こう
やって野望を語るときに限って、それがちっとも報告されないという...
実際にやってみたいもんです。

先に紹介した、論文は、どうやらFreeのようですから、ぜひぜひちゃらっ
と眺めてみてください。
(っちゅうか、自分も読めって感じ)

ではでは。

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