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件名:

オープンバイオBOF@… のお知らせ

差出人: theclaさん <takeru…>
送信日時 2004/11/30 10:31
ML.NO [medicalscience:1673]
本文:

なかざと@副管理人です。

12月13日(月)-15日(水)に、GIW2004という、日本バイオインフォ
マティクス学会の年会がパシフィコ横浜で行われます。
http://giw.ims.u-tokyo.ac.jp/giw2004/

前は、恵比寿ガーデンプレイスでやっていたのですが。
けっこうこじんまりした学会ではあります。

その際に、コンピュータープログラムでもって、でてくる情報を
処理しよう、なんてのが、バイオインフォマティクスの領域ではあり
ますが、そのときのその「プログラム」の部品をつくってくれている
人たちが、ミーティングをもちます。
( わかる人にはずばり書いた方がわかるでしょう。
BioPerlとかBioRuby、EMBOSS、BioConductor などのことです)
結局、ここのMLにいる人たちのニーズのようなものを、彼らは
求めているわけで、モチベーションのある方は、ぜひとも参加しては、
と思います。
あるいは、このMLに流していただければ私がその意見を持っていきます。

一応、フォローしなければならないのですが、この「プログラム」と
いうのは、どこかの企業がつくっているとかそういうものではなく、
すべてフリーで公開されているものを、組み合わせてつくられたものです。
(オープンソースという表現をします)
メンバーも、大学の人や、国立の研究所の人が多いです。(多分)

お金や時間がないという方も、飲み会だけの参加でもOKです。



---------- 以下、転送メール ----------

皆様、

(以下、転載は自由に行なって頂いて構いません)

GIW にて、添付のようなミーティング「オープンバイオ BOF」を
開催したいと思います。ふるってご参加、ご発表お願いします。

もともと BioRuby のミーティングの予定でしたが、せっかくなので
広くコミュニティ全体での交流ができたらということで企画しました。

イメージとしては、ISMB (http://www.iscb.org/ismb2004/) と
併催されている BOSC (http://www.open-bio.org/bosc2004/) の
日本版みたいなものになればいいなと思っています。
もしくは、infobiologist の企画で2003年に行なわれた第2回研究会に
参加された方はそちらをイメージして頂いても良いかもしれません。
今回は、会場の都合等でこじんまりとしたものになると思いますが。

よろしくお願いします。

片山 俊明
--
東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター
ゲノムデータベース分野 助手
〒108-0071 東京都港区白金台 4-6-1
<ktym@…> 03-5449-5614 (fax:5434)


*** オープンバイオ BOF @ GIW2004 ***

来たる 2004/12/13-15 にパシフィコ横浜で開催される GIW2004 にて
オープンバイオの BoF を開催します。BoF (Birds-Of-A-Feather) とは、
特定のトピックに興味のある人たちで行なう小規模のミーティングです。
この「オープンバイオ BoF(仮)」では、オープンソースで開発されて
いるバイオインフォマティクス用のソフトウェアをテーマに、ユーザと
開発者が一緒になって情報交換をするための場を作りたいと思います。

BioRuby や KNOB, JAMBO をはじめとする国内のプロジェクトの紹介や、
国内に限らず BioPerl や BioConductor など様々なプロジェクトの
ユーザによる紹介などを通じ、バイオインフォマティクスで利用できる
オープンソフトウェアにどのようなものがあるか情報交換します。
また、今後もこのような交流会を開くための打ち合わせを兼ねて、
パネルディスカッションを開催したいと思います。

GIW2004 http://giw.ims.u-tokyo.ac.jp/giw2004/
BoF CFP http://giw.ims.u-tokyo.ac.jp/giw2004/bofs.html

BioRuby http://www.bioruby.org/
KNOB http://knob.sourceforge.jp/
JAMBO http://jambo.sourceforge.jp/
BioPerl http://www.bioperl.org/
BioConductor http://www.bioconductor.org/


日時:2004年12月13日 16:00-18:00
場所:パシフィコ横浜3階 315 号室
参加:無料(GIW には別途参加して頂く必要があると思います:)
言語:日本語
GIW 自体は英語で行なわれる国際会議ですが、日本国内での
オープンバイオ推進という趣旨から BoF は日本語で行ないます。

連絡先:bof2004@…
担当者:中尾@BioRuby、二階堂@KNOB、片山@BioRuby

事前登録制ではありませんが、部屋の定員が20名とのことなので、
満席の場合は、早く来られた方を優先したいと思います。


----- プログラム -----

1. はじめに

開催の趣旨など。


2. プロジェクト紹介

* BioRuby (KEGG API, DAS)
* KNOB (Knoppix for Bio)
:
演題募集中 → mailto: bof2004@…


3. パネルディスカッション

テーマ:日本でのオープンバイオの推進にむけて

海外ではオープンバイオの成果が広く使われており、すでに大きな
コミュニティが形成されているが、日本ではそれらのリソースが
有効に利用されていないだけでなく、開発に関わっている人も少ない。
まずは、ユーザ同士の情報交換を含めた定期的な交流をはかり、
利用者と開発者双方のコミュニティを拡大したい。将来的には、
取り組みの遅れを取り返し、国内での普及に貢献し、国際的にも
フィードバックできるような人材が増えることを期待したい。
そのために、まずは定期的に交流を図るための研究会を開催できる
ようにしたい。

トピック:

* オープンバイオの世界と日本における状況
* 普及に向けてできること(情報交換、チュートリアル?)
* コマーシャルにおけるオープンバイオ
* 定期的な「オープンバイオ研究会(仮)」開催のプラン


4. 懇親会

人数が集まれば近くで懇親会を兼ねた飲み会を開きたいと思います。

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