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件名:

[bioinformatics-jp] ZSCORE (Zoo-side School for COming REsear ch) 申し込み〆切4/20

差出人: theclaさん <takeru…>
送信日時 2006/04/16 16:53
ML.NO [medicalscience:1691]
本文:

なかざと@副管理人です。
ごぶさたです。

以下のような企画があります。
私もお手伝いします。

せっかくの機会ですので、ぜひ、ご参加ください。


-- original message --
From: bono AT sourceforge.jp<bonohu@…>
To: <bioinformatics-jp@…>
Sent: Sun, 16 Apr 2006 14:37:42 +0900
Subject: [bioinformatics-jp] ZSCORE (Zoo-side School for COming REsear
ch) 申し込み〆切4/20

ぼうのうです。

#このメールは転送自由です。是非周りの研究者を目指す大学生や大学院生にご転送下さい。

前にアナウンスしたZSCOREですが、申し込み〆切が今週の木曜(20日)
に迫って参りましたので再度アナウンスさせていただきます。また、
具体的な実習内容もメールの下の方に載せましたので、ご覧下さい。
詳しくはウェブページもご覧下さい(本メールとほぼ同じ内容ですが)。
http://bonohu.jp/w/?ZSCORE
--
ZSCOREは(ウェットな)実験をやっているor目指す大学生大学院生に、
初歩的なところから実際に一緒に手を動かして、コンピュータを使っての
in silicoな「実験」に馴れる会です。基本的にはOSがWindowsのPC上で
ウェブブラウザーなどを用いて検索したりする「実習」で、
自らプログラムを一から書いていくようなレベルを想定していません。

対象: 研究者を目指す大学生や大学院生
日時: 2006年4月27日(木)午後3時から(パソコン持ち込みの方は午後2時から)
場所: 上野公園脇のトミーデジタルバイオロジー株式会社(台東区池之端2-9-1)エッジビル1階のセミナー室
定員: 12人(パソコン(OSはWindowsXP)の準備は8台。ノートパソコンの持ち込みは歓迎します。)
参加費: 1000円(交流会込み)
スポンサー: トミーデジタルバイオロジー株式会社、坊農秀雅
申し込み方法: 以下の内容を含むメールを
zscore@…あてにお送りください。申し込み〆切は4月20日まで。参加者多数の場合は「抱負」で選考いたします。

1. 名前
2. 所属
3. メールアドレス
4. パソコン持ち込みの有無
5. このセミナーに何を期待するか、具体的に自分が普段困っていること、勉強していて不満な点など、参加するに当っての抱負。

具体的には以下のようなことをやることが予定されています。

* Genome Browserが使いこなせるよう実習
o Ensemblで自分の知りたい遺伝子を検索
+ デフォルトではオフになっているfeature(例:GC含量やCpG island)をいろいろいじって自分の欲しいgenome
annotationが表示されるようにカスタマイズ
+ Ensmart(Biomart)を使って自分の欲しいデータセット(例:マイクロアレイのプローブIDとゲノム上の位置情報(染色体番号とその位置)の対応表)を作成
o BLAT(BLAST Like Alignment Tool)からUCSC Genome Browserを利用
実習:ニワトリに感染する発ガン性のラウス肉腫ウイルスが持つsrc遺伝子配列を、ニワトリゲノムにBLAT検索し、ニワトリのsrc遺伝子(原がん遺伝子)のゲノム上での位置を見出す。それをDNA配列以外にアミノ酸配列レベルでも検索できることを体験し、得られた位置の情報以外にそのアラインメントを眺めてウイルスが宿主から持ち出してから遺伝子配列のどこが変化したか、実際に確かめる。

* コンピューターリテラシーの向上
o Internet Explorerに加えて、Mozilla
Firefoxをインストールして動かし、検索エンジンにNCBIのものを加えてより簡単に検索できるように
o PubMed使いこなし系
PubMedを使った文献検索も単純な検索から一歩進めて、MeSHなど利用することによる絞り込み方など、ちょっとしたtipsで自在に使いこなせるように
o cygwinをインストール(もしくはKNOBからブート)してUNIX系コマンド(lessやhead,
tailなど)で大量(bulk)のデータを扱えるように
実習:Ensmartを使って作成したデータ(マイクロアレイのプローブIDとゲノム上の位置情報)をsortやgrep、簡単なperlのワンライナーを用いることでExcel-free(エクセルを使うことなし)にデータ加工する。

* ネットワークに関する基礎的な知識もツールを使う上で必要なレベルで。

ぼうのう
--
Dr Hidemasa Bono <http://bonohu.jp/>
Associate Professor, Saitama Medical School
Research Center for Genomic Medicine
<http://www.saitama-med.ac.jp/genome/>

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