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件名:

機能ゲノミクス研究会:トランスクリプトーム解析

差出人: theclaさん <takeru…>
送信日時 2007/03/28 19:33
ML.NO [medicalscience:1699]
本文:

なかざと%副管理人です。

また、セミナーやります。
今回のテーマは、マイクロアレイなどのトランスクリプトーム解析です。

バイオインフォマティクス学会の研究会ですが、
実験についても理解のある人々ばかりですし、
東大のアグリバイオで、バイオインフォマティクスを教えるような
人などいますので、ぜひぜひご参加くださいませ。

詳しくは、引用したメールを。



日本バイオインフォマティクス学会(JSBi) 機能ゲノミクス研究会 第2回研究会「トランスクリプトーム解析」



ぼうのう@埼玉医科大学ゲノム医学研究センターです。

日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)の新たな研究会として
「機能ゲノミクス研究会」をやっております。
http://www.jsbi.org/jsbi_new/kenkyukai/genomics.html
http://groups.yahoo.co.jp/group/bioinformatics-jp/message/3167
来る4月12日に「トランスクリプトーム解析」をテーマに、
第二回目の研究会を東京大学弥生キャンパスにて開催いたします。

日時:2007年4月12日(木)午後1時半から
場所:東京大学 弥生講堂・一条ホール
http://www.a.u-tokyo.ac.jp/yayoi/
参加の方法:事前登録の必要はありません。
バイオインフォマティクス学会会員 無料
非会員 2000円(ただし学生は1000円)

今回は1日のみの研究会ですが、トランスクリプトーム解析の分野
の研究者に話をしていただきます。演者には教授・助教授の方、
ポスドクの方、大学院生の方と多岐にわたる役職の方に話をお願い
しております(詳細は以下のプログラム、アブストラクトを参照)。
前回同様、機能ゲノミクス研究会が目指すところの、ゲノムスケール
での機能解析技術の「開発」と「利用」に関わって実際に手を動かし
て研究している人たちによる生の声を共有し、研究者同士が
「オフラインに」広く交流する場を実現したいと思っています。

個人的には、とくにトランスクリプトーム解析をこれからやりたい、
やっているんだけどいろいろ困っているという、大学院生や若手の
研究者の皆さんの参加を期待しております。

なお今回は前回と異なり日本バイオインフォマティクス学会の
研究会単独での開催のため、会員でない方は参加費がかかります。
ご注意下さい。皆さんの多数の参加をお待ちしております。

ぼうのう

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プログラム
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13:30-13:50 オープニングトーク
坊農秀雅(埼玉医大)

13:50-14:30 「マイクロアレイ解析手法あれこれ」
門田幸二(東大・院農)

14:30-15:00 「実験屋の立場からのトランスクリプトーム「解析」
中井雄治(東大・院農)

15:00-15:15 休憩

15:15-15:45 「タイリングアレイを用いた網羅的検出の有用性」
西田洋巳(東大・院農)

15:45-16:15 「マイクロアレイ・データを用いた量的形質関連遺伝子群の探索手法」
矢野健太郎(東大・院農)・清水顕史(滋賀県立大・環境科学部)

16:15-16:30 休憩

16:30-17:00 「遺伝子発現解析のための公共リソースの利用」
粕川雄也(理研CDB)

17:00-17:30 「ブタ成熟脂肪細胞および顆粒膜細胞における脱分化機構の網羅的解析」
小野浩雅(日大)

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アブストラクト
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「マイクロアレイ解析手法あれこれ」

門田幸二

マイクロアレイ解析の目的の多くは、サンプル間で発現の異なる遺伝子の同定である。本発表では主に「二群間(癌 vs.
正常など)で発現の異なる遺伝子」と「組織特異的発現遺伝子」の同定手法について最新の比較解析結果を交えて紹介する。参考URL(http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html)。

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「実験屋の立場からのトランスクリプトーム「解析」」

中井雄治

マイクロアレイ実験はやってみたものの、アレイデータ解析となるとさてどうしたらいいのか?
実験屋にはこんな人が多い。そんな実験屋の立場からの「解析」への取り組みを紹介する。

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「タイリングアレイを用いた網羅的検出の有用性」

西田洋巳

タイリングアレイと発現解析アレイの差異、解析密度の違いによる差異、真核生物ゲノムとバクテリアゲノムでの
差異などについて報告する。

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「マイクロアレイ・データを用いた量的形質関連遺伝子群の探索手法」

東大院農生科・アグリバイオ 矢野 健太郎, 滋賀県立大・環境科学部 清水顕史

マイクロアレイ実験においては、発現量の変化に有意性が認められないプローブ群を除外し、データ解析を行う場合がある。しかしながら、遺伝子の発現量と機能発現の関連性は十分な解明がなされていない。そのため、発現量の変化に有意性が認められないプローブ群に形質関連遺伝子が含まれる場合には、このアプローチでは関連遺伝子群の検出が困難となる。このことは、特に、複数の遺伝子座が様々な寄与率で関与する量的形質を対象とする場合に問題となる。
そこで、本研究では、発現量の有意性に依らない新たな評価指標と、遺伝子群の分類のためのダミー遺伝子を導入し、多変量解析に基づく手法の開発を行った。本手法を、汎用的なパーソナル・コンピューターを用いて、100サンプル×2.4万プローブ程度のデータ・セットに適用したところ、2つの表現型間で発現量が異なる遺伝子群の探索を数分程度で行うことができた。また、本手法を応用することで、遺伝子発現プロファイルからの表現型予測も高い精度で可能であることが示唆された。

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「遺伝子発現解析のための公共リソースの利用」

粕川雄也

本発表では公共リソースとして公開されている遺伝子発現データベースについて、利用方法を概説する。現在、DNAチップ実験/in
situ実験などにより、さまざまな組織/細胞/条件による遺伝子発現データが生成されている。またそれらの多くは公共リソースとして、データを取得して、利用することが可能となっている。そこで本発表では、GNF
SymAtlasなどの公開遺伝子発現データベースについて紹介するとともに、利用方法について概説する。

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「ブタ成熟脂肪細胞および顆粒膜細胞における脱分化機構の網羅的解析」

小野浩雅

我々は、生体内において既に特異的な機能をもつ脂肪細胞および顆粒膜細胞を体外培養し、脱分化させる
ことによって、脂肪細胞、骨芽細胞、軟骨細胞、骨格筋細胞そして神経系細胞など種々の細胞へと分化する
細胞を作り出すことに成功している。しかし、これらの細胞がどのような機構で脱分化し、多能性を獲得
するかについては明らかにされていない。成熟脂肪細胞および顆粒膜細胞の脱分化機構の一端を明らかに
する目的で、脱分化前後のそれぞれ2点をマイクロアレイ解析することによって、得られた遺伝子発現情報
から脱分化に関与する遺伝子群を抽出し、脱分化過程における遺伝子発現状況を網羅的に調べた。本発表では、
今回行なったマイクロアレイ解析のアプローチの方法およびその解析結果について紹介する。

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