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[ 統合DB] GWASと糖鎖のデータベースを公開

差出人: theclaさん "Nakazato T."<takeru…>
送信日時 2008/08/26 14:04
ML.NO [medicalscience:1715]
本文:

なかざと@ライフサイエンス統合データベースセンターです。
ごぶさたしてます。

# マルチポストしていますので、複数、受け取られる方はご容赦を。


文部科学省委託研究開発事業 統合データベースプロジェクトで、いくつか新
たにデータベースを公開しましたので、お知らせします。

まず一つ目が、東大グループによるGWASのデータベースです。
https://gwas.lifesciencedb.jp/cgi-bin/gwasdb/gwas_top.cgi
一応、GWASについて説明しますと、この語はGenome-Wide Association Study の
頭文字をとったもので、「じーばす」と発音します。日本語訳は「ゲノムワイド
関連解析」です。
詳しくは、http://lifesciencedb.mext.go.jp/glossary/index.html にGWASの項
があるので、そこからたどってくださいませ。(キーワードだけ書くと、SNPと
かマーカーとかコピー数多型[CNV]とか、そういう系統です)
下にプレスリリースを引用しました。
最近、Nature Geneticsなど読むと、GWASによる解析を行ってみました、とい
う論文が次々に出ていて、このあたりの情報を仕入れないとなぁ、という気にな
ります。


2つ目が、産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター による糖鎖関連の
データベースです。http://jcggdb.jp/
これについては、くどくど説明するより、下に引用したプレスリリースを読んで
もらって、実際にデータベースを眺めてもらった方が早いので、そちらをご覧く
ださいませ。

これらについては、統合データベースプロジェクトによるライフサイエンス
ポータル「統合ホームページ」( http://lifesciencedb.jp/ )からたどることが
できます。

ご質問、ご意見、ご感想などは以下のページに記載されているサポート窓口を
ご利用ください。関係者に転送します。
http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?lng=jp&gg=support



◆ 国内のゲノムワイド関連解析データをデータベース化
 東京大学、東京大学附属病院、東海大学、(株) 日立製作所の研究グループ
(研究代表:東京大学医学系研究科徳永勝士教授)は、大学共同利用機関法人情
報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (センター
長:高木利久)を中核とした文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプ
ロジェクト」( http://lifesciencedb.jp/ )の一環として、ゲノムワイド関連解
析(GWAS)のデータベース
https://gwas.lifesciencedb.jp/cgi-bin/gwasdb/gwas_top.cgi
を平成20年8月26日(火)より公開しました。近年のSNP(単一塩基多型)タイピン
グ技術の飛躍的向上により、数万〜百万種SNP/個体のタイピングが可能となり、
各種疾患に関与する遺伝子をゲノム全域から探索するゲノムワイド関連解析プロ
ジェクトが実施され、膨大なデータが産出されています。本データベースは、国
内で実施されるゲノムワイド関連解析の成果の公開とデータの半永続的な集約的
管理、さらに研究者間での情報共有による疾患遺伝子研究の促進を目指して構築
されました。
 図(http://biotech.nikkeibp.co.jp/bionewsn/detail.jsp?id=20055443 で見
られます)は、脳動脈瘤の関連解析結果の例です。ゲノム全域に分布する数十万
種のSNPについて、アリル頻度、遺伝子型頻度などの頻度情報をはじめ、疾患と
の関連について各種統計解析結果、遺伝子の位置情報やコピー数変異(CNV)、連
鎖不平衡などの情報を同時に表示できます。おもなゲノムデータベースへのリン
クもあり、さまざまな生物学的観点から疾患関連SNP候補を選択することもでき
ます。ゲノム医学分野の専門家のみならず、他分野の専門家もデータベースを活
用することにより、疾患研究のより一層の進展に貢献することを目指していま
す。また、品質基準を満たした日本人対照群のSNPのアリル頻度、遺伝子型頻
度、ハプロタイプ頻度などのデータベースとダウンロードサイト
https://gwas.lifesciencedb.jp/snpdb/snp_top.php
を用意しており、各研究グループが実施するゲノムワイド関連解析にも利用でき
ます。
 今後は登録データを拡充していくほか、コピー数変異と疾患との関連解析への
対応、臨床情報を活用した関連解析の層別化への対応など、データベースおよび
解析手法の高機能化を実現するとともに、アジア諸国からのデータの受け入れも
目指しています。



◆ 糖鎖に関する多様な情報を統合検索できるデータベース
 文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」
http://lifesciencedb.jp/ の一環として、(独)産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター (成松久センター長)は、日本糖鎖科学統合データベース(JCGGDB)
http://jcggdb.jp/ を平成20年8月18日(月)から公開いたします。このデータ
ベースは糖鎖医工学研究センターが中心となり実施してきたNEDOプロジェクトの
研究成果を公開するもので、昨年から公開していた糖鎖関連遺伝子データベース
(GGDB)に加え、レクチンデータベース(LfDB)、糖タンパク質データベース
(GlycoProtDB)、糖鎖の質量分析スペクトルデータベース(GMDB)を新たに公開
し、複数のデータベースから関係するデータをすべて一度に検索できる統合検索
システムを特徴としています。
 糖鎖構造は、生物種、個体、臓器ごとに異なり、細胞の分化や活性化によって
も変化し、がん化、免疫疾患、個体発生、感染症、脳神経機能に深く関わってい
ることが分かってきていますが、医学研究、産業応用への展開はこれからの課題
です。 JCGGDBの公開により、糖鎖に関するデータが広くライフサイエンス各分
野の研究領域において利用され、ライフサイエンス研究全体に大きな貢献をする
と期待されています。
 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データ
ベースセンター (高木利久センター長)を中核とした「統合データベースプロ
ジェクト」では、国内の研究機関などに散在している300ほどのライフサイエン
ス関係のデータベースの統合を進めており、その一環として、糖鎖医工学研究セ
ンターでは日本糖鎖科学コンソーシアム(JCGG)を窓口として国内の糖鎖関連の
データベースをとりまとめています。今後、平成20年度からコンソーシアムに参
加している立命館大学のGlycoEpitope、名古屋市立大学の多次元HPLCデータベー
スGALAXY、日本脂質生化学会脂質データベース構築委員会の LipidBank、名古屋
大学のノックアウトデータベースの統合を進め、JCGGDBに順次追加していく予定
です。


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